এ ছাড়াও, জলপাইগুড়ির বিভিন্ন এলাকায় নিষ্ঠার সঙ্গে পালিত হচ্ছে গোবর্ধন পুজো। উল্লেখ্য,বাড়ির উঠোনে গোবর রেখে তার মধ্যে ফুল সহ অন্যান্য সামগ্রী দিয়ে গোবর্ধন দেবতার পুজো করা হয়।গোবর্ধন পুজোর পর থেকেই ছট পুজোর আয়োজন শুরু হয়ে যায় সর্বত্র। এজন্য অনেক ছট ভক্তরাও গোবর্ধন পুজোর আয়োজন করেন।
গোবর্ধন পূজা অন্নকুটের সময় সম্পাদিত একটি প্রধান অনুষ্ঠান। যদিও কিছু গ্রন্থ গোবর্ধন পূজা এবং অন্নকুটকে সমার্থক হিসাবে বিবেচনা করে, গোবর্ধন পূজা হল দিনব্যাপী অন্নকুট উৎসবের একটি অংশ।